上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。 此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。
演员：里兹·阿迈德 莉莉·詹姆斯 薇拉·菲茨杰拉德 萨姆·沃辛顿 马修·马希尔 Aaron Roman Weiner Helen Eigenberg 伊萨·戴维斯 普鲁瓦·贝迪 格兰特·哈里森 PJ Adzima Brian O'Neill 普·班德赫 何塞·冈斯·阿尔维斯 John Cashin Jessica Marza 霍尔登·古德曼 杰夫·比尔 Jamie Ann Burke Kerri Louise
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演员：迈克尔·扬 热拉尔丁·纳卡什 吉米·让-刘易斯 狄迪尔·弗拉蒙 卡塔利娜·丹尼斯 娜塔莉亚·多切瓦 Lord Kossity Frédéric Chau 贾尼·贾丹尼 让-玛丽·拉穆尔 乔·普雷斯蒂亚
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